石侍郎與妻妾為求安全，換乘轎子改走陸路登城。而利瑪竇與其助手、僕人仍走水路到達南京。
雖然當時的皇帝不在南京，但南京這都城的重要性可是一點也不輸北京的。
當他們一抵達，利瑪竇就迫不及待的四處遊覽一番。

利瑪竇對於年輕人喜歡跑到寺廟中折斷菩薩的手與腿之行為，深感難以管教。
有一次，一位剛領洗的男工，又去廟中偷了一尊佛像，打算趁夜深人靜時，偷偷將佛像燒掉。利瑪竇知道後，會如何處置這人？他又該用什麼方法去改善士大夫們與和尚之間的關係呢？
(攝影:山姆哥)

當石侍郎得知利瑪竇救了他在船上的家人後，特別另派一條船供利瑪竇乘坐，以示感謝。
但到了第二天，突如其來的狂風，又把這艘以及尾隨在後的貨船全都吹翻了。
原本在艙面上的利瑪竇與若望，轉眼間全跌入奔流中。

到了韶州的第二個秋天，麥安東又得了瘧疾，這次病情並不樂觀，利瑪竇便替他辦了告解聖事。麥安東對於「聖體」特別恭敬，即使病危他仍不忘要求領受「臨終聖體」。麥安東跪在苦像面前，當利瑪竇扶著他起身時，他卻全身無力的往前倒，當場就死了。利瑪竇為摯友舉行了追思彌撒後，便將自己悲傷的情緒隱藏在內心深處。

支流匯入贛江後、江面擴大且水急灘多，當石侍郎他們所乘之船航行到全程最危險的地方─「十八灘」時，船員們都萬分害怕，因為在那早已沉過許多的船。其實在出發前，石侍郎早已至廟裡祈求神明能保佑他們一路平安。利瑪竇也因此得一結論─遇危難時，即使是最講理性的儒生，也會承認有超性的存在。忽然間，有一條船出事了…(攝影:山姆哥)

瞿太素原以為拜利瑪竇為師即可學到他熱衷已久的煉金術，沒想到反而學到了幾何數學、如何製作各種各樣的日昝、以及如何測量高度和距離的方式。這些學問使活了半輩子的瞿太素大開眼界，同時更在學習過程中讓他接觸到了天主教教義。

利瑪竇跟郭居靜一同拜會石侍郎，當他們看到了石侍郎的樓船後，大為驚異且深感興奮。因為這船不但用堅硬的木材製成，而且還雕梁畫棟、金碧輝煌，每間套房更掛滿了珍貴的圖畫。
(攝影:山姆哥)

在麥安東的病況稍有起色時，利瑪竇卻又感染了瘧疾。他孤伶伶的在床上抽蓄、發抖，從來沒有過如此寂寞無力的感覺。
體內不斷攀升的熱度，掩沒了他的知覺。這時，祈禱與決心全不能救急，他相信自己會死，但卻仍持續的祈求天主─讓他完成天主堂的工程吧！

利瑪竇覺得天主教教義近似於儒家思想，便將自己與儒者等量齊觀，
他覺得如此較容易在中國立足。
於是自西元1594年起，他開始將四書翻譯成拉丁文，以便做成教中文的課本。
但礙於中西文化差異，使他翻譯的過程遭遇了許多困難。

因韶州人民並不害怕也不懷疑洋人，因此利瑪竇和麥安東被安排送到當地的光孝寺居住。一進入寺廟房間，他們就立刻拿開佛像、改掛自己的聖像並設了祭台，以便每日舉行彌撒。後來，利瑪竇在寺前河邊發現一塊不錯的地，打聽之後就向兵備道提出了他的要求……