李卓吾認為人都是有私心的，這反映出當時商業、手工業和小農經濟發展的取向，也在批駁當時的理學家。他對歷史人物的評價也迥異於當時的理學家，他也指出真理的道像水一樣，遍地皆是，所以他反對宋以來的理學家，視道為少數聖賢當中互相傳授繼承的道統。
劉蕺山所關懷的核心並非那個超越而內在活潑潑的良知的心，而是實存道德生命的性。他不否認人有義理之性，而是要納義理之性於氣理之性，也就是合形上形下、合心體性體為一體的角度來論斷。他的學術思想不只是做學問而已，更灌注到生命氣質中去談修養。