何諾留三世就是教宗依諾森三世為腓特烈二世所指定的導師沙服禮樞機。在教宗依諾森三世去逝後，他被選為教宗職位的繼承人，因此，教宗和腓特烈二世有著導師和學生的情份。教宗何諾留三世在位的十一年內，也就是西元一二一六年到一二二七年，腓特烈二世和羅馬教廷的關係，可以說是達到了理想的境界，政教合作似乎已成事實。可是，腓特烈在西西里的各種措施，已經使教廷和倫巴人組成的城邦都感到惶恐。