明代理學的消長興衰，基本上可用兩兩位皇帝做為分界，分為三個時期，兩位皇帝分別是成化和隆慶。學術思想大致是沿著宋代的思想發展，中心問題也大致依著宋儒所談論的繼續延伸。
明代理學比宋代的精微且單純，初期以傳遞朱熹的學說，做為主要核心，中期時王陽明更發展出致良知的宗旨，晚期針對王學末流帶來的弊端，而有了朱王調和理論，和尊朱抑王思想產生。
明初的學風恪守程朱之學，尊儒敬老。
明代中期是理學發展最興盛的階段，學者多，為學宗旨亦不盡相同，以王陽明悟得致良知為分界，可分為上下兩個時期，前半期是王陽明思想的初期，朱熹思想猶然存在，朱學盛於王學；後半期王陽明奠定了思想脈絡，他弟子眾多，遍佈天下。