教宗康復，米開蘭基羅想必大大鬆了口氣，他獲准繼續工程，禮拜堂西半部的絞手架在九月份搭好，他也拿到第五筆款子。當絞手架重新搭好，停了整整十四個月的筆，再度提起作畫。到了聖母升天節，不僅羅馬人有機會第一次看見西斯汀禮拜堂新的濕壁畫，米開蘭基羅也因為絞手架拆除，第一次有機會從地下看看自己的作品。

米開蘭基羅在製作青銅巨像時還有時間談戀愛，然而這段異性戀情的證據十分薄弱，只是一首十四行詩，在詩中，米開蘭基羅頗為輕佻，想像自己是蓋住少女額頭的花冠，緊縛少女胸脯的連衣裙，環住少女腰部的腰帶。

禮拜堂內擠滿信友和其他想一睹為快頂棚繪飾的人，眾人對米開蘭基羅的評價和期待，使得濕壁畫成為全羅馬注目的焦點。看著米開蘭基羅的濕壁畫，拉斐爾和羅馬其他人一樣，為這已成為羅馬人話題的「絕妙新畫風」驚嘆不已。甚至，拉斐爾都想搶下這件委製案，完成後半部。

米開蘭基羅以禁欲、不安的態度看待「性」，這點具體表現在他給孔迪維的一封信中，他告訴這位弟子：「如果想長命百歲，就絕不要做這件事，不然也盡可能少做。」他刻畫「聖殤」中的聖母像時，心裡就隱藏著禁欲觀。雕像裡的兒子已經是個大人了，做母親的卻還如此年輕。

米開蘭基羅透過畫面上的場景，強化一個堅定的信念，那就是，教會的敵人應受到無情制伏。不過，米開蘭基羅私底下反對教宗的好戰作風，因此，替儒略二世的征伐行動宣傳，似乎並非他所願。

米開蘭基羅畫了創世紀的故事，也就是亞當和厄娃的墮落與放逐，這幅畫比前幾幅都要快，大概用了其他作品三分之一的時間就完成了，他的老助手早就返回了佛羅倫斯，複雜的準備和例行工作都靠著他和幾名新助手一塊完成。

「馬加伯書」中這些人事物，包括宗教戰爭、掠奪者、遭入侵的城市、在上主協助下為人民打敗敵人仇的戰士司祭，對於儒略二世動亂年代裡的人而言，走訪西斯汀禮拜堂，大概會覺得別具深意。藝術的目的當然不只在教育民眾「聖經」上的故事，還能肩負重大的政治作用。

米開蘭基羅曾親赴阿維努斯湖邊的巫女洞穴，大膽下到洞裡。他在西斯汀頂棚上所畫的庫米巫女，讓人覺得古怪。米開蘭基羅把她畫成醜陃的龐然大個，手長、二頭肌和前臂粗壯，肩膀寬厚如亞特拉斯，頭部相形之下變得很小，體形之怪異駭人在整個拱頂上並不多見。

厄娃在睡著的亞當背後，張著嘴，一臉驚訝，好像要倒下般躬身合掌，迎接創造她的上主，上主則望著她，向她祝福。這是米開蘭基羅第一次畫上帝，在他筆下，上帝是個英俊的老年人，有著卷曲的白鬍子，身穿鬆垂的淡紫色袍服。

梵蒂岡花費在修復濕壁畫的時間和精力，比米開蘭基羅當時繪畫時要多了一倍，動員好幾十名專家，耗資好幾百萬美元，採用先進的高科技技術，把拱頂上的圖象先數位化，儲存在電腦，利用光譜科技找出米開蘭基羅上色的化學成分，在修補時把顏料區隔開來，用特殊的清潔劑，去除掉污垢和之前修補的顏料。